研修医1年目の若月まどか（芳根京子）は、清桜総合病院での勤務が始まった矢先に、院内のコードブルー現場に遭遇。そこで謎の男・角田茂司（奥田瑛二）に声をかけられるまま誘われ、至近距離で先輩医師たちの迅速な対応を目の当たりにし感動していた。
しかし、研修医生活が始まると勤務時間は9時5時、ノーハラスメントという清桜総合病院での“お客様待遇”にモヤモヤがつのる。
一方、外科医の西山正樹（赤堀雅秋）や救命救急センター長の城崎智也（佐藤隆太）、内科医の手塚冴子（木村多江）らベテラン医師たちも、医師不足という現状、研修医たちの未熟さに対する苛立ちをグッと抑えながら指導に当たっていた。
そして同期の研修医・尾崎千冬（髙橋ひかる）、五十嵐翔（大西流星）、桃木健斗（吉村界人）、横川萌（小西桜子）と共に、“スーパーローテーション”と呼ばれる仕組みのもと、各科を回る研修が始まる。最初は外科に配属されるまどか、指導医は外科医の菅野尊（鈴木伸之）だ。しかし現実は希望とは裏腹で、点滴の針がうまく刺せない、手術中にトイレに行きたくなる、おまけに看護師に間違われるなど、立ち塞がる壁は多かった。
そんなある日、担当となった入院患者・湯川茜の元を訪れるまどか。腰の痛みを訴える茜に、菅野に相談しようとまどかが提案すると「寝違えただけだから大丈夫」と言われてしまう。だが、それが後に大変な事態に発展してしまい……。
